华生与克里克 (12/30 更)

入得谷来,祸福自求。
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gigi
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华生与克里克 (12/30 更)

Post by gigi » 2008-12-18 15:39

星宿老仙James Watson

三四年前到冷泉港参加一个Epigenetics的会议,期间听的报告早已忘得一干二净,印象深刻的却是那里星宿派一般的气氛。

冷泉港生物实验室早在十九世纪末就成立了,历史上出过不少名人,比如研究玉米中transposable element 的Babara McClintock。James Watson于1968年给从哈佛招到这里当director, 1998年又成立了以自己名字命名的研究生院 (Watson School of Biological Sciences)。

话说2004年我和几个同事搭着我老板的车来到纽约长岛,进入冷泉港实验室所在的小镇不久,就看到公路中立着个牌子,大意是DNA结构发现者的居住地什么的。我颇不以为然。华生是1953年在英国剑桥工作时和克里克合作研究出DNA结构的,那时他和冷泉港生物实验室八杆子打不着。这小镇干嘛非往自己脸上贴金啊!

接着进入校园,发现这里立着以DNA双螺旋结构为主题的雕塑。不是一个,而是很多个不同的!然而真正震撼到我的是冷泉港的会议大厅。在大厅右侧墙上赫然挂着真人1.5倍大小的巨幅华生画像。画像里他穿着亮黄色的毛衣,双腿交叉坐在靠背椅里,双臂搭在扶手上。据同事Scott观察,那个椅子的扶手与地平线大致齐平,华生的姿势就象是挂在十字架上的耶稣,所以这幅画是大有寓意的!

更好笑的是会议开了一半,中场休息时华生穿着他那件亮黄色的毛衣出现在会场。他也不和人打招呼,径直找了个中后排的位子坐下听报告。昨天我和大学同学聊起来,她说也在冷泉港开会时见过华生,也是穿着那件黄色毛衣!不知那老头是特别喜欢这一款毛衣囤了好多件呢,还是专门留出这件毛衣一到开会时就穿上到会场里招摇呢?

Scott对这幅画很不满。中午吃饭时和我们商量要把它偷了换上猫王的丝绒头像。
http://www.velvetpaintings.com/gallerie ... 101a.shtml
据Scott说这种猫王头像六七十年代很流行,一般旧货店里都能找到。他越讲越兴奋,讨论起盗窃和转移这幅画的技术细节来。他说我们可以把那幅画偷了以后,去掉画框抽出画布,卷起来塞到装poster的塑料筒里,这样就能安全带出长岛了。

大伙儿听得都很来劲儿,连下午的报告也不听了,开着租来的车到岛上的旧货店去找猫王头像了。算华生运气好,我们逛了一下午也没找着Scott说的那种猫王画像,这事儿就不了了之了。

接下来几天我对这里的星宿派作风也就见怪不怪了。比如说会议厅地毯上有疑似DNA双螺旋的花纹。比如说会议厅楼下洗手间旁有个纪念品店,卖的是华生自传华生小人像和织着DNA双螺旋纹路的毛衣围巾等等等等。我对这里的期望值越来越高,以至在用过洗手间后和同事报怨,为什么这儿的厕纸没印上双螺旋的花纹呢?

华生生物学研究生院不是98年成立的吗,第一批六个学生于2004年4月25日毕业,“exactly 51 years after the day that James D. Watson and Francis Crick published the structure of DNA”。我猜华生98年招研究生,是想让学生在“exactly 50 years after the day.。。”领毕业证书的,也不知哪个学生不合作,没按期赶出论文。

在我上学期间,他来我们学校作过两次报告。因为是面向大众而不是生物专业人士的,我就没去,想着肯定没什么最新科研成果。后来听人说他果然没讲科学而是说了一通八卦和是非。现在我有点后悔,听听他放大炮一定很好玩。

他信口胡说的笑话多了。以下来自wiki:
Watson has repeatedly supported genetic screening and genetic engineering in public lectures and interviews, arguing that stupidity is a disease and the "really stupid" bottom 10% of people should be cured.[70] He has also suggested that beauty could be genetically engineered, saying "People say it would be terrible if we made all girls pretty. I think it would be great."[70]

He has been quoted in The Sunday Telegraph as stating: "If you could find the gene which determines sexuality and a woman decides she doesn't want a homosexual child, well, let her."[71] The biologist Richard Dawkins wrote a letter to The Independent claiming that Watson's position was misrepresented by The Sunday Telegraph article, and that Watson would equally consider the possibility of having a heterosexual child to be just as valid as any other reason for abortion, to emphasise that Watson is in favor of allowing choice.[72]

On the issue of obesity, Watson has also been quoted as saying: "Whenever you interview fat people, you feel bad, because you know you're not going to hire them."[73]
Watson also had quite a few disagreements with Craig Venter regarding his use of EST fragments while Venter worked at NIH. Venter went on to found Celera genomics and continued his feud with Watson through the privately funded venture. Watson was even quoted as calling Venter "Hitler."[74]

While speaking at a conference in 2000, Watson had suggested a link between skin color and sex drive, hypothesizing that dark-skinned people have stronger libidos.[73][75] His lecture, complete with slides of bikini-clad women, argued that extracts of melanin — which give skin its color — had been found to boost subjects' sex drive. "That's why you have Latin lovers," he said, according to people who attended the lecture. "You've never heard of an English lover. Only an English patient." [76]
当然他最出名的statement是2007年说的,非洲人民前景黯淡是因为人家智力比较低下。
On October 14, 2007, a biographical article written by one of Watson's former assistants[50], Charlotte Hunt-Grubbe, appeared in the Sunday Times Magazine in anticipation of his soon to be released, in the UK, memoir Avoid Boring People: Lessons from a Life in Science.[50]

Watson was quoted as saying he was "inherently gloomy about the prospect of Africa" as

“ all our social policies are based on the fact that their intelligence is the same as ours — whereas all the testing [IQ and Standarized testing] says not really.[50] ”

Hunt-Grubbe stated that Watson's "hope" was "everyone is equal" but quoted him as having said "people who have to deal with black employees find this not true." Furthermore, she suggested that Watson believed "you should not discriminate on the basis of colour" by quoting him as having said

“ there are many people of colour who are very talented, but don’t promote them when they haven’t succeeded at the lower level.[50] ”

Watson was then attributed as having written

“ there is no firm reason to anticipate that the intellectual capacities of peoples geographically separated in their evolution should prove to have evolved identically. Our wanting to reserve equal powers of reason as some universal heritage of humanity will not be enough to make it so.[50]
出了这摊子事华生马上成了众矢之的。几天后他不得不出来道歉,我也不知道抽了哪根筋说了那些个话。没用了,冷泉港革了他职。老人家总算是退出了历史舞台。

我个人认为他得炸药奖还是应该的。而且他怪好玩儿的。要是科学家个个都是面黄肌瘦勤勤恳恳的老黄牛也太闷了不是?

不知道他那幅画像还在不在冷泉港的会议厅里?


解码神探 Francis Crick

相比起来我对克里克的好感大大滴。这主要是因为他的一篇发表于1961年,推断出三个碱基编码一个氨基酸的论文。上研究生的第一年,我有一门课是学习历史上推动生物学大发展的论文。读克里克那篇之前老师就说这是史上最好的生物学论文。一读之下果然,感觉就跟读了本好的侦探小说似的,和现在那种技术先行的论文完全不一样。

这里是那篇论文的链接。
http://profiles.nlm.nih.gov/SC/B/C/B/J/_/scbcbj.pdf

论文开篇明义地交代了需要解决的问题。当时已经知道:
1. 蛋白质是由线性排列的氨基酸组成的。
2. DNA的碱基也是线性排列的
3. 氨基酸的序列是由DNA的碱基以某种方式决定的。
4. 组成蛋白质的氨基酸共有二十种,而碱基有四种。
那么一条DNA链上的四种碱基是怎样决定那二十种氨基酸的序列的哪?

现在看起来,这个问题简直算不上问题。把氨基酸测测序再把碱基测测序,两下里一对照不就出来了吗?关键是那个年代并没有分离基因并测序的方法,也没有给蛋白质测序的方法。那时的分子生物学家,能用的只是细菌,噬菌体,和能导致DNA突变的一些化学药品。

提完问题,作者进行了一系列逻辑推理和模型建立。
1. 用四种碱基编码二十个氨基酸,至少得用三个或以上碱基编一个氨基酸。因为只用两个碱基的话,只有4x4=16种组合方式。用三个碱基,有4x4x4=64组合方式,这样又多了些。
2. 跟据已有的实验结果, 编码氨基酸的genetic code 不可能是重叠的 (overlapping). 比如atcg 四个碱基,不能头三个碱基(atc)对应一个氨基酸,后三个碱基(tcg)又对应另一个氨基酸。这是因为如果genetic code 是overlapping的话,那么改变一个碱基通常会影响到前中后三个氨基酸的变化。从烟草病毒突变实验和人血红蛋白序列变化研究中,已经证明了氨基酸的改变是一个个独立发生的。
3.如果genentic code 不是重叠的,那在一段连续的DNA链上,如何确定哪几个碱基是对应氨基酸的呢?假设是三个碱基对应一个氨基酸,有这么几种可能:
A. 每三个碱基用来编码,第四个碱基用来作间隔。
B. 某些三碱基组合用来编码氨基酸,另一些三碱基组合用来作隔断。
C. 从一个固定点开始,每三个碱基编码一个氨基酸,顺序下去,没有隔断。
作者们认为第三种模型的可能性最大,并开始用实验论证。

接下来介绍实验手段:大肠杆菌K12和寄生在大肠杆菌里的T4噬菌体。当T4里的必需蛋白质有正常功能时(functional), 这种噬菌体可以在大肠杆菌里繁殖并导致大肠杆菌死亡。死后的大肠杆菌破裂并释放出更多的噬菌体去入侵邻近的大肠杆菌。从宏观上来看, 就是在一层大肠杆菌的菌苔上出现了一个个圆洞。每一个洞对应被一个噬菌体及其后代损耗的大肠杆菌们。

作者使用的DNA突变药品是proflavin,从以往的实验得知,proflavin的作用是加或者减一个碱基。Proflavin导致的基因突变是non-leaky的,即突变后所编码的蛋白质完全失去了功能。这样功能的度量就简单了,要么有,要么没有。如果这个蛋白是噬菌体必需的,肉眼看到的就是有圆洞(=有功能),或者没圆洞(=没功能)。

作者接着推理,如果在一段基因中加入一个碱基而导致这个突变下游的碱基序列不再编码有功能的蛋白质,那么在这个突变的下游减去一个碱基有可能抵消(suppression)第一个突变的作用。前提是这两个突变之间的碱基所对应的氨基酸对这个蛋白来说可有可无。

于是克里克及合作者们先在T4噬菌体里用proflavin 制造一些突变,挑出了一些不能在大肠杆菌K12里繁殖的噬菌体(但仍可在另一种细菌里繁殖)。他们接着在已有突变的噬菌体里再用proflavin来挑出suppressor,即第二个突变抵消了第一个突变,蛋白质恢复功能,T4噬菌体又可以在K12里繁殖。

作者然后用基因重组(recombination)的方法分离出第二个突变,发现这第二个突变的独立存在也让蛋白质完全失去功能。接着他们又用同样的方法挑出第二个突变的suppressor,并把这个suppressor (第三个突变)也分离了出来。

如此这般,他们分离出很多单个突变,每一个突变都能让这个蛋白质失去功能,使T4噬菌体不能在K12的菌苔上制造圆洞。

他们尝试把每两个突变组合在一起,看这样能否恢复蛋白质功能。最后他们发现所有突变都能归并到两组里,组A和组B。 组A里的突变都能抵消组B里突变的作用,反之亦然。同一组里的任何两个突变之间则不能互相抵消。他们推理,一个组里的所有突变都是添加了一个额外的碱基,另一个组里都是减少了一个碱基。

下一步是论文里最精彩的一段。作者推理,假如genentic code 是triplet的,即每三个碱基编码一个氨基酸,那么把同一组里三个添加碱基的突变结合起来,或者把另一组里三个减少碱基的突变结合起来,三个突变之后的DNA序列,就会重新回到正确的阅读框(reading frame), 那之后编码的所有氨基酸又是正确的了,蛋白质的功能就又恢复了。

This is exactly what they found.

克里克的这篇文章还得出一些其他重要推论: 蛋白质的翻译是从一个固定点开始的 (start codon), 同一个氨基酸可以由好几个三碱基组合决定 (the genentic code is degenerate). 这里就不再细说了。

也许大家觉得这篇论文太简单了,不够惊险曲折。 然而在那个时代条件下,其实是非常激动人心的。比如当时对proflavin的作用都有争议,这组作者坚持自己的推断,即proflavin加或者减一个碱基,才正确解读了genentic code.

当年我第一次读到这篇论文时,感受到的是一种纯粹的朴素的美,让我想起最初自己为什么要搞科研。当时老师还给我们看了篇短文,是克里克自述看到带三个突变的噬菌体又能在菌苔上生长时的兴奋心情。可惜我现在找不到了。

这里我要说几句得罪人的话。现在这种逻辑清晰构思精巧的生物论文还有,但是越来越少了。更多的是那种不用动脑子,作expression array或者是用siRNA作whole genome screening的文章。这一路子文章的好处是做完实验了,总能把结果总结一下发篇论文。可这样基本上就没什么思考和推理的乐趣了。

这篇论文的第三作者 Sydney Brenner也是个非凡人物。他于2002年得到炸药奖,不是因为他早年对解读基因密码的贡献,而是因为他单枪匹马开创了线虫C。 elegans 的研究领域。他当初选这种生物,是想用它来研究神经学的。因为这小虫是透明的,体内的细胞包括神经细胞数目是确定的。所以发育过程中每一个细胞的产生,变化和死亡都能研究清楚。正是从这种小虫身上得出了细胞程序性死亡(programmed cell death or apoptosis)的概念,即在发育过程中的正常细胞死亡。这一概念对癌症研究有特别深远的影响,因为癌细胞从根本上来说就是失去了程序性死亡功能的细胞。2002年得炸药奖的另两个人,H. Robert Horvitz and John E. Sulston, 都是Brenner 的学生。如果说Brenner是开门祖师,那么Horvitz就是掌门。现在以c. elegans 为研究对象的各实验室负责人,大多是Horvitz 的徒子徒孙。不过据说Horvitz对他的学生薄厚们相当苛刻。

这几年做C.elegans的颇为风光。是因为在这种小虫里发现了siRNA 和miRNA,2006年的炸药奖就发给了发现siRNA的两人。


tbc
Last edited by gigi on 2008-12-31 11:18, edited 17 times in total.

Knowing
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Post by Knowing » 2008-12-18 15:43

Epigenetics! 这我要听!兴奋的说!
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gigi
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Post by gigi » 2008-12-18 15:48

ÆäʵҲûɶ¡£ÏÖÔÚ°ÑȾɫÌåDNAÐòÁÐÖ®ÍâµÄÒ»ÇÐÒÅ´«ÐÅÏ¢¶¼¹éµ½EpigeneticsµÄ·¶³ëÀïÈ¥ÁË¡£

Knowing
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Post by Knowing » 2008-12-18 16:17

DNA序列之外的一切遗传信息
这些"一切"都是什么?科普一下嘛。
。。。。我真是又懒惰又好奇。
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mirrorflower
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Post by mirrorflower » 2008-12-18 17:53

“星宿派“形容华生真得蛮合适的。。。 :mrgreen: :mrgreen: :mrgreen:

Elysees
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Post by Elysees » 2008-12-18 19:43

哎,我还以为是那个华生 :oops:
我自横刀向天笑,笑完我就去睡觉。

orangetabby
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Post by orangetabby » 2008-12-18 19:55

等着看华生的八卦. GIGI的这个比喻是非常非常 :party004:

这一阵子, 饶毅和崔克明在博克上互掐也比较有娱乐性.
性格决定命运, 基因决定性格. 所以请放心大胆的怨天怨地怨爹娘.

gigi
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Post by gigi » 2008-12-19 13:30

Knowing wrote:
DNA序列之外的一切遗传信息
这些"一切"都是什么?科普一下嘛。
简单的说吧,同一个基因,DNA序列完全一样,为什么在有些人里最后以有功能的蛋白质形式表达出来,在有些人里不表达呢?

有可能是因为这个基因所在的染色体片段处在不活跃的状态。这一段染色体的DNA可能被甲基(-CH3)修饰了,也可能是包裹这一段染色体的蛋白质(histone)被甲基,乙酸基或是别的什么基团修饰了。有了这些修饰,把DNA转录成RNA的蛋白质就没法转录这一片染色体上的基因了。这种染色体的修饰是可以遗传的。

以上基本是传统的Epigenetics的领域。最近几年RNA的研究有了很大飞跃,又把很多RNA层次上的调控也归入Epigenetics了。

比如说,一段DNA已经转录成RNA了,但这RNA并不一定就能被翻译成蛋白质。有一种20-22个碱基的小RNA (microRNA), 能够识别目标信使RNA (messenger RNA)的序列并抑制该信使RNA的翻译。

gigi
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Post by gigi » 2008-12-22 0:01

更了点儿。

Jun
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Post by Jun » 2008-12-22 8:01

难怪我这个外行都听说华生这个人口碑很不好,是个 megalomaniac,原来自我膨胀这么严重。Narcissistic personality disorder,我下结论道。

其实当时好几组人都在搞DNA结构,W&H就是因为通过Wilkins得到了X-ray chrystolography的照片而抢先一步发表结论。没他们发现,没过多就人家也会发现出来。
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Knowing
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Post by Knowing » 2008-12-22 8:04

真逗,还树牌子,真把自己当旅游景点了!
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mirrorflower
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Post by mirrorflower » 2008-12-22 18:18

慨叹道:太可惜了!画像居然没换成! :mrgreen:

silkworm
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Post by silkworm » 2008-12-23 10:56

Jun wrote:其实当时好几组人都在搞DNA结构,W&H就是因为通过Wilkins得到了X-ray chrystolography的照片而抢先一步发表结论。没他们发现,没过多就人家也会发现出来。
也不能这么说。当时能看到Franklin的X-ray crystallography照片的很不少,但是得出双螺旋碱基配对这个结论的g,就他们俩最早。Franklin自己知道他们俩的结论,嗤之以鼻。
他们俩是借鉴了美国这边的大牛Pauling之前做蛋白质/肽结构研究的手段,而Pauling当时也正在用类似的方法研究DNA结构。可是,Pauling犯了一个初级错误,得出的结论是DNA三条链。

Knowing
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Post by Knowing » 2008-12-23 11:02

恩?花生发现的到底是什么,谁给通俗的说说?就是dna 是双链?
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Jun
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Post by Jun » 2008-12-23 11:13

They were the first to publish the double helix, fine, all credits to them. Still, the reality back then was that it was only a matter of time for people to discover DNA is structured as double helices --- and not a long time, either. They knew it. In science luck is always a big part of who becomes legend and who is forgotten.
此喵已死,有事烧纸

mirrorflower
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Post by mirrorflower » 2008-12-23 15:23

Jun wrote: In science luck is always a big part of who becomes legend and who is forgotten.
点头ing.但是相较之下Crick低调的多,而Watson不是不像一个暴发户的。聒噪喧嚣得很。

tiffany
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Post by tiffany » 2008-12-23 21:08

这个哈,我作为一个跟sh*t斗而简称奋斗在科学前沿第一线的科学中青年就说了,话也不能这么说。其实任何一个重大的科学发现,都是以之前很多年的科学积累为基础的,积累了好久,技术哗的一下儿上了个台阶儿,以前做不到的事情突然做得到了,那得吸引多少聪明勤奋的科学老中青年啊!在这样的人力物力投入下,所有的重大发现都是“时间问题”。可是那么多那么聪明勤奋的科学老中青年里面,不是别人,偏偏是他们俩做出了这个发现,说明什么?说明他俩该得这个奖。要说起来,最冤的应该是今年得奖的荧光绿蛋白的一个发现人/发明人,连拿到奖的两个人都说没有他这个工作进展缓慢/不成,结果这个人现在是个卡车司机,开16轮。因为后来就断了基金-----这个很奇怪,他在申请的时候,年景应该还不坏呢,后来就该行当蓝领去了。我再一次慨叹啊,科学,尤其是生物科学,真是一将功成万骨枯的行当啊!

然后我兴奋的传播我听来的watson的8。据说他不做科学很多年了,吃炸药奖的老本儿。他儿子听说有精神分裂,结果他现在对神经科学,尤其是记忆什么的很感兴趣。
乡音无改鬓毛衰

Jun
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Post by Jun » 2008-12-23 21:19

怎么我听说是 Francis Crick 一直对神经科学有兴趣来着?
此喵已死,有事烧纸

tiffany
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Post by tiffany » 2008-12-23 21:23

我咋记得是冷泉港那个?冷泉港到去年每年开记忆大会。他们那儿有帮人做果蝇记忆模型什么的。哦,对了,我找人求证过了,以前说切果蝇脑袋上千以收集果蝇脑子乃是错误信息,人家好像是用离心的,离心的速度合适,果蝇头就能给分离出来。
乡音无改鬓毛衰

gigi
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Post by gigi » 2008-12-23 21:48

后来致力研究神经学的是crick。他被迫离开分子生物学转攻神经学也有一番血泪史呢。

mirrorflower
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Post by mirrorflower » 2008-12-24 0:05

gigi wrote:后来致力研究神经学的是crick。他被迫离开分子生物学转攻神经学也有一番血泪史呢。
是被迫的?快88 :mrgreen:

笑嘻嘻
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Post by 笑嘻嘻 » 2008-12-24 1:13

tiffany wrote:这个哈,我作为一个跟sh*t斗而简称奋斗在科学前沿第一线的科学中青年就说了,话也不能这么说。其实任何一个重大的科学发现,都是以之前很多年的科学积累为基础的,积累了好久,技术哗的一下儿上了个台阶儿,以前做不到的事情突然做得到了,那得吸引多少聪明勤奋的科学老中青年啊!在这样的人力物力投入下,所有的重大发现都是“时间问题”。可是那么多那么聪明勤奋的科学老中青年里面,不是别人,偏偏是他们俩做出了这个发现,说明什么?说明他俩该得这个奖。
这话适用于广大世界上的很多事情。做工程也一样。
云浆未饮结成冰

Jun
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Post by Jun » 2008-12-24 8:08

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lucoco
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Post by lucoco » 2008-12-24 15:01

白博说的今年那个没拿上GFP的那个人,我前几天坐地铁上班看波士顿的metro有采访他,他被其中两个获奖人邀请去瑞典参加颁奖。
他回答记者的几个问题我真是看的凄凉。
1, 他说当时没有funding之后也在学术界找过工作,有过一些interview的机会,不过大部分求职信投出去人家理都不理,连个简单的通知email也没有,他原子核i对这个有点bitter.
2,对于当时他把克隆出来的基因给那两个获奖人,他说他没有犹豫过,觉得应该给他们,就算自己没有经费做,也不能就藏在自家的refrig里不让别人做。
3,他现在做司机的工作很难养活全家,他希望,如果有,这次炸药奖能给他带来点好运,找到份工资高点的工作,不管什么工作,要不然他们的房子保不住了。 :-(
一个人的性格决定他的命运。

gigi
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Post by gigi » 2008-12-24 15:02

又更了一点。这篇论文太好看了,我得把它给大家讲明白。
多谢Jun的链接。这下我想起来了,是在恶人谷这儿先看到华生的这个笑话的。

tiffany
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Post by tiffany » 2008-12-24 21:51

人老了说昏话不代表他以前不聪明勤奋哈
乡音无改鬓毛衰

Jun
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Post by Jun » 2008-12-24 23:21

tiffany wrote:人老了说昏话不代表他以前不聪明勤奋哈
专精某一方面的聪明,不能代替全面的明智和有逻辑。这话我直接当着Francis Collins的面说过:One does not have to understand and believe evolution to run gene chips. 科学家里面搞一样事很精,其他事很糊涂,一点也不少见。

我是从一个纪录片里看来的,当时的确是Watson&Crick分秒必争抢先过了终点线,因为有其他组的人也在搞同样的课题,大家都是on the verge of discovery。是他们还是别人抢到这个荣誉,有时候不过是运气。当然他们抢到了,说明他们离事实非常非常近,但并不是唯一离事实近的人。

类似的例子还有发现HIV是导致AIDS的事情,虽然后来出于政治和人事原因把Robert Gallo搞臭了,其实当时Gallo和巴斯德研究所真的是neck-and-neck,谁先发表都不稀奇。不仅“只是时间问题”而且是差不了几个月的问题。

所以在科学界搞个人崇拜是最可笑的事情,比在艺术或者政治界搞更加可笑。Collaboration,站在巨人肩上,聪明而运气不好,课题冷门所以搞不到funding,这些都是最普遍的现象,得个炸弹奖真不能说明谁就比谁怎么怎么样多少多少了。
此喵已死,有事烧纸

gigi
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Post by gigi » 2008-12-25 9:32

又想起来一个花絮。在冷泉港另一栋楼里,走道墙上挂了很多现在生物界大牛早年来冷泉港开会、学习的相片。我那次开会时,看poster和social时也有专人拿个大相机到处咔嚓。到会议快结束了,工作人员拿了本相册来,让各与会人士找出自己的人像并签名。我乐呵呵地想,要是哪天我一不小心成了大牛,这儿的人肯定p颠p颠地去数据库里把我老人家的相片找出来,ps了装裱了挂在显眼处。然后我就正式登堂入室成为星宿派弟子了。 :mrgreen:

这个星期给雪困在家里闷坏了。口水特别多,各位多包涵。

silkworm
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Post by silkworm » 2008-12-25 15:27

tiffany wrote:人老了说昏话不代表他以前不聪明勤奋哈
哈哈哈,我和白金一样,努力地想一分为二地看待花生。

gigi,冷泉港早期的时候是有点象黄埔军校的,行内的人凑一起学最先进的技术,互通有无。类似的还有一个海洋生物学的点儿在Woods Hole,MA,一到夏天就开武林大会,徒子徒孙们跟着前辈来聚会兼开会,80年代的时候红火得很,不知现在怎么样了。

lucoco
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Post by lucoco » 2008-12-25 17:04

Woods hole我去开过一次会,不过不是武林大会,是我们专业的一个国际会议正好选在那儿。大家住学生宿舍,吃了几天大锅饭,还蛮好玩的。
Woods hole是个很漂亮的小镇,风景非常new england. 我还记得最后一晚在镇上的一个小餐馆打包晚餐带到回去的巴士上吃,等得时候一个女招待问我介意不介意喝杯红酒,我很诧异,她解释说是客人点的,结果她倒错了,送我喝要不要,我当然没有拒绝。 :lol:
[/img]
一个人的性格决定他的命运。

gigi
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Post by gigi » 2008-12-25 19:01

silkworm wrote:
tiffany wrote:人老了说昏话不代表他以前不聪明勤奋哈
哈哈哈,我和白金一样,努力地想一分为二地看待花生。
我觉得吧,人性就是丰富而多样的,科学家也是人,里面各色人等也都有。搞个人崇拜的科学家并不比搞个人崇拜的政治家更坏。

Jun
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Post by Jun » 2008-12-25 21:00

搞个人崇拜的科学家并不比搞个人崇拜的政治家更坏。
我的意思不是谁的做法有多“坏”(whatever that means),而是不靠谱。同行搞科学的人,大家心里都很清楚来龙去脉,不会像其他方面那么容易唬人,一忽悠就真有人崇拜了。崇拜科学家的都是外行。所以他再怎么自鸣得意,真有几个同行崇拜 James Watson 真把他当成旷世奇才?你要说残酷也可以,这就是科学,忽悠人没那么容易。在政治上搞是惨剧,在科学界搞不过是喜剧而已。

哼哼,搞科研就是天天琢磨着怎么用自己的新发现颠覆--至少也得修正--现有的权威理论,即使要开星宿派,也找不到那么多忠心的弟子,一呼百应的其实很简单,不过是门路广大能搞到 funding 而已。
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gigi
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Post by gigi » 2008-12-25 21:28

Jun wrote:
搞个人崇拜的科学家并不比搞个人崇拜的政治家更坏。
我的意思不是谁的做法有多“坏”(whatever that means),而是不靠谱。同行搞科学的人,大家心里都很清楚来龙去脉,不会像其他方面那么容易唬人,一忽悠就真有人崇拜了。崇拜科学家的都是外行。所以他再怎么自鸣得意,真有几个同行崇拜 James Watson 真把他当成旷世奇才?你要说残酷也可以,这就是科学,忽悠人没那么容易。在政治上搞是惨剧,在科学界搞不过是喜剧而已。

哼哼,搞科研就是天天琢磨着怎么用自己的新发现颠覆--至少也得修正--现有的权威理论,即使要开星宿派,也找不到那么多忠心的弟子,一呼百应的其实很简单,不过是门路广大能搞到 funding 而已。
对,不靠谱,我就是这个意思。

正因为搞科学人不好乱忽悠,出来那么一个两个就特别有喜感,给广大跟shit斗在科学前线的青年学者带来了多少乐趣呀!

冷泉港的研究经费有很大一部分来自私人捐款。那次开会我就看到了专门给金主们作的报告会。你看,忽悠好了对科学进步还是挺有贡献的吧!

Jun
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Post by Jun » 2008-12-26 16:10

Crick 是不是当时跟剑桥有点矛盾所以拒绝了他们的教授邀请?

他后来跑到UCSD自学上了神经学,我觉得很能理解。虽然分子生物很厉害,但是神经生物学简直太神奇了,他转行过去不一定不情愿哦,而且走在时代潮流之前。这两年神经精神学(neuropsychiatry,neuropsychology)越来越红,未来几年还要更红。

冷泉港这几年也在搞,不过是搞基因神经和精神学的研究,这两年弄出的成果里我所听说的主要是染色体结构变异(rare structural variations)在精神分裂症(schizophrenia)和自闭症(autism)方面的一些进展。但是这些跟 Watson 都没有直接联系。

据我所知 Watson 后来就是搞行政工作、四处演讲、出书、参与基因伦理(genetic ethics)方面的讨论(寒!),此外没听说他出过什么重要成果。倒是听说 Crick 在 neurobiology 方面一直做研究和出成果,直到04年去世。
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gigi
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Post by gigi » 2008-12-26 17:24

克里克的论文基本解释完了。希望非生物专业的人也看得懂。

gigi
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Post by gigi » 2008-12-30 18:55

又加了点儿。

gigi
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Post by gigi » 2008-12-30 21:44

又想起个好玩儿的细节。我在一个C. elegans实验室待过。我们实验室最大的苦恼是什么?不,不是科研资金。xixi,是虱子 (mite)。 :mrgreen:

Knowing
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Post by Knowing » 2008-12-30 21:57

看不懂论文,虚弱的说。
有事找我请发站内消息

gigi
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Post by gigi » 2008-12-30 22:10

我还以为自己讲得挺明白呢。哪不懂啊?回头我再贴几张示意图好了。

想起来了。以前我们给本科生上课时是这么解释的。
比如有个人吧,只能三个字母三个字母地念单词。下面这行字对他来说是有意义的:

dog dog dog dog dog dog dog dog dog dog

要是在这串字符中加个字母:

dog ddo gdo gdo gdo gdo gdo gdo gdo gdo g

或是减个字母:

dog ogd ogd ogd ogd ogd ogd ogd ogd ogd og

从那个加(减)字母的位子开始这串字符就没意义了。

要是加一个字母后又减一个字母,这下又有意义了。

dog ddo gdg dog dog dog dog dog dog dog

可要是同时加三个额外的字母,又有意义了。

dog ddo ogd dog dog dog dog dog dog dog dog

小K明白了吗?

gigi
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Post by gigi » 2008-12-31 11:16

原来我的表达能力这么差。以后我再也不自讨苦吃写科普文章了。 :(

Knowing
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Post by Knowing » 2008-12-31 11:30

我看明白了但是还是不懂。
A。为什么三个突变都能互相抵消?如果有两个在start codon前第三个在start codon后,不是还是不行么?
B. 为什么这实验能否定"某些三碱基组合用来编码氨基酸,另一些三碱基组合用来作隔断"?
有事找我请发站内消息

Jun
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Post by Jun » 2008-12-31 11:30

gigi 八一下 Crick 怎么被人逼走基因学吧。
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gigi
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Post by gigi » 2008-12-31 11:45

Knowing wrote:我看明白了但是还是不懂。
A。为什么三个突变都能互相抵消?如果有两个在start codon前第三个在start codon后,不是还是不行么?
所有的突变都在start codon 之后。因为每一个独立的突变都能使蛋白质丧失功能。
B. 为什么这实验能否定"某些三碱基组合用来编码氨基酸,另一些三碱基组合用来作隔断"?
这个可能性也没有完全排除。但从这一系列的实验结果来看,最大的可能仍是连续的没有空格地阅读基因密码。

我刚进实验室时,带我的博后教导我说,最简单的模型往往是可能性最大的。--这是题外话。
Last edited by gigi on 2008-12-31 17:46, edited 1 time in total.

gigi
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Post by gigi » 2008-12-31 11:49

Jun wrote:gigi 八一下 Crick 怎么被人逼走基因学吧。
让我再拖几天吧。其实正象你说的,Crick虽然在剑桥受到排挤,他最后出走到San Diego不一定心不甘情不愿。是我的文艺脓包发作把他想象成一个悲情英雄。 :oops:

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